Research & Paper
结果即协议：先把可复现流程写清楚。
论文稿以方法、协议与图表占位为主。投稿状态：准备中。DOI 待定。任何拟合误差、覆盖率实测与通过/失败结论，统一待公开数据跑通后发布。
§ 1
论文准备状态
目标读者：科研 / QSP 评审。卖点不是“更炫的动画”，而是可追问的证据链。
§ 2
方法摘要
混合内核（ABM + ODE/差分 + 2D RD）；场景包化；观测模型显式化；校准/验证隔离；UQ 同时报告 coverage 与 sharpness；L1/L2 外推；Verification-lite；报告引用回放。
- 六缺口对策与论文 §1 对齐
- 小鼠公开数据优先建立基线
- AI 策略搜索不进入分子生成范围
§ 3
复现协议骨架
协议条目为结构示例，便于评审对照工件。
结构示例
reproduction_checklist.md
1. 固定 commit / scenario_version / param_set_id
2. 声明 train vs validate 任务文件
3. 运行校准 → 导出 calibration_report.json
4. 运行 UQ → 导出 uq_report.json（含 sharpness）
5. 运行 L1（及可选 L2）→ validation_report.json
6. Verification-lite → verify_dt_grid_*.yaml
7. 打包 artifact.zip（含 replay index）§ 4
图表清单（占位）
待公开数据跑通后发布
| 图/表 | 意图 | 状态 |
|---|---|---|
| Fig. mech | 机制链示意 | 示意图 |
| Fig. calib | 校准对齐（公开数据） | 待公开数据跑通后发布 |
| Fig. uq | 区间 coverage + sharpness | 待公开数据跑通后发布 |
| Fig. L1/L2 | 外推任务定义与结果 | 待公开数据跑通后发布 |
| Table thresholds | 默认阈值与 COU 调整说明 | 文档目标 |
§ 5
Data Availability 模板
结构示例
data_availability.txt
公开数据来源：<citation or URL placeholders>
数字化脚本与 hash：<paths>
场景包版本：<scenario_version>
代码仓与 commit：<repo>@<commit>
限制：个体级临床数据不在 v1 范围§ 6
默认科学主线
当前默认：小鼠流感样呼吸道病毒 + MC38 样肿瘤 + 药理阻断/耗竭类 L2。均可替换，替换须更新 COU 与数据清单。